在农民户籍“农转非”背后，一直存在着承包土地归属的争议。
根据2002年起实施的《农村土地承包法》规定，承包期内，承包方全家迁入设区的市，转为非农业户口的，应当将承包的耕地和草地交回发包方。但如果承包方户籍迁入地为小城镇，则应按照承包方的意愿，保留其土地承包经营权或者允许其依法进行土地承包经营权流转。
但在此后各地的实践中，户籍转入地市级以上城市的农民，其原有承包地也得以 保留。如2012年8月河北省发布的《关于推进户籍管理制度改革的意见》，当中就明确，农民工落户城镇是否放弃宅基地和承包的耕地、林地，须尊重农民本人 意愿，不得强制或变相强制收回。同时，该意见鼓励农民依法、自愿、有偿流转土地、林地承包经营权，建立农村土地自愿退出补偿机制，对自愿放弃农村土地的农 村居民给予合理补偿。
日前，国家发改委一位官员表示，“如果进城农民两头占有土地，将会造成极大地浪费，是不合理的，但强制收回也是不公正和不合理的。”
国务院发展研究中心此前曾发表一份名为《促进城乡统筹发展，加快农民工市民化进程研究》的报告，当中称，84%的农民工希望进城定居后能保留承包地，67%的农民工希望能保留宅基地。
报告称，在城镇化过程中，不能把放弃承包地和宅基地作为农民进城落户的先决条件，更不能强制性要求他们退地。
发改委官员透露，以后可能的提法是，在自愿的基础上，探索一种公平合理的市场化配置的机制。在承包地办理确权并发给凭证后，然后允许进行市场化的交易，“这能够给农民进城提供第一桶资金”。他同时透露，该举措将设置一个过渡期，并综合考量过渡期的合理时长。
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